（1）由于并购前后目标公司作为民事主体是持续存在的，因而有关民事权利义务是延续的，因此，基于出让方披露不真实、不全面，导致目标公司遭受或然负债，使投资公司对目标公司的权益减损的风险是普遍存在的。这是股权并购的主要风险，也是最难防范的风险。 

    （2）由于目标公司的厂房、机器、设备往往是旧的，因此，虽然并购的现金流量相对新设投资较少，但并购后可能需要投入资金进行技术改造，否则可能难于提高目标公司产品的竞争力。

    （3）由于目标公司与员工之间的劳动继续有效，并购后往往面临目标公司冗员的处理，这不仅容易激化劳资矛盾，而且会增加目标公司的经济负担。 

    （4）并购程序复杂，受让股权需要征得目标公司存续股东的同意，修改目标公司的章程需要与存续股东进行谈判，为防避或然负债需要进行大量的尽职调查工作，因此，股权并购的工作成本较高。

    （5）并购后的整合难度大，投资公司对目标公司行使管理权的阻力大。在投资公司并购目标公司全部股权持有者特别是仅为相对控股的情况下，并购后的整合及投资公司对目标公司行使管理权都会遇到困难。有人说明股权并购后对目标公司整合和行使管理权的难度，形象地比喻为“嫁姑娘”，意思说投资公司是到人家过日子，而把资产并购比喻为“娶媳妇”意思说目标公司的资产到投资公司家中来。 

    （6）股权并购受国家反垄断法的规范和限制。